Der Gemeinderat als Führungsorgan der Gemeinde besteht aus sieben Personen. Er tagt in der Regel alle zwei Wochen. Seine Verhandlungen sind nicht öffentlich. Der Gemeinderat informiert jedoch regelmässig über seine Beschlüsse sowohl im GaiserwalderBlatt als auch online.

Die Bürgerschaft wählt alle vier Jahre Gemeindepräsident/-in und Schulratspräsident/-in sowie die Mitglieder des Gemeinde- und Schulrates und der Geschäftsprüfungskommission an der Urne. Die gewählten Behörden konstituieren sich selber.

Dem Schulrat obliegt die unmittelbare Führung der Schulen nach den Vorschriften des Gemeindegesetzes und der Gesetzgebung über das Schulwesen. Er vertritt die Schule nach aussen. Die Geschäftsprüfungskommission prüft Finanzen und Geschäftsführung von Rat und Verwaltung. Sie wird dabei von einer externen Revisionsstelle unterstützt.

Die Gemeinde Gaiserwald gehört zum Kreisgericht St.Gallen. Das Kreisgericht ist erste Instanz im Zivilprozess und im Strafprozess. Ab dem 1. Juni 2009 sind die Vermittler (Friedensrichter) ebenfalls in die Organisation des Kreisgerichtes integriert.

Neben einer kleinen Zahl von politischen Gruppierungen sind mit Ausnahme der Grünen alle grossen nationalen Parteien mit Ortsparteien in der Gemeinde politisch aktiv.